Les empreintes pétrifiées dans la boue volcanique des Huellas de Acahualinca à Managua ainsi que d'autres indices archéologiques le laissent supposer. Des peuples d'origine Maya seraient d'une part venus du Mexique et établis sur les berges du lac Nicaragua (les Chorotegas), d'autre part, d'autres groupes venus eux de l'actuelle Colombie se sont établis sur la région Caraïbe (les Lencas). Au début du xvie siècle plusieurs groupes amérindiens se partagent le pays. Des peuples d'origine Maya seraient d'une part venus du Mexique et établis sur les berges du lac Nicaragua. Ils parlent des dialectes pipils proche du nahuatl, la langue des Aztèques, ce qui suppose une origine mexicaine. Les groupes de la côte Atlantique sont apparentés, par la culture ou les dialectes (proche de la langue Chibcha), des peuples du nord de la Colombie. Dans ces zones côtières du Pacifique et dans les montagnes centrales où les Espagnols se sont installés, la population indigène a été presque complètement anéantie par la propagation rapide de nouvelles maladies, pour lesquelles la population autochtone n'avait aucune immunité et par l'esclavage (exportation des populations dans les mines du Pérou). Mais il subsiste, de nos jours, une importante communauté d’indiens Miskitos (environ 100 000 personnes), principalement sur la côte atlantique du pays.